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　　土壤消毒是克服蔬菜連作障礙的重要措施之一，適用方法主要有石灰消毒、高溫消毒、熱水消毒、太陽能消毒、藥物消毒等。

　　石灰消毒　6-8月清除前茬殘留物，每畝施生石灰50-100公斤，在壟溝內鋪稻草、麥草、玉米秸等秸稈1000-2000公斤，深翻兩次將石灰和稻草埋入地下，一般埋入深度為30-40厘米。秸稈盡量短，耕翻后壓實，上面覆蓋薄膜密閉，防止水分散失和溫度降低。從薄膜下灌水，至土壤充分濕潤為止，田面不能積水。

　　高溫消毒　密閉溫室，使20厘米土層溫度達40℃維持7天，或者使20厘米土層溫度達37℃維持20天，能有效殺滅土壤中的細菌、根結線蟲等有害生物。消毒完成后耕翻，耕翻深度以30-40厘米為宜，以防土壤深層生物翻到地表，晾曬3-5天后播種或定植。

　　太陽能消毒　利用反光板的反射作用，將陽光反射或折射到地面上，以提高土壤溫度。在棚內設反光板可以使地表土壤溫度達50℃，使地下20厘米處的溫度達15-20℃，這樣能消滅大量病菌、害蟲(卵)等。

　　熱水消毒　利用高溫土壤熱水消毒機產生的熱水對土壤消毒，用高精度傳感器控制熱水溫度，用循環泵使水溫均勻。用耐高溫水管將92℃以上熱水輸送到需要消毒溫室的栽培基質槽或栽培畦，這樣可使20厘米土溫在2小時左右升至50℃以上，并持續1-2小時。高溫熱水消毒處理，可殺滅土壤中大量根結線蟲。

　　藥劑消毒　利用各種化學藥劑或生物藥劑，通過噴淋、澆灌、拌土、熏蒸等方法消毒土壤。噴淋或澆灌是將藥液噴淋于土壤表層或直接灌到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土中病菌。噴淋和澆灌方法適宜于大田、育苗營養土、溫室等。主要藥劑有甲醛、代森銨、波爾多液、二硫氰基甲烷等。甲醛對黑斑病、灰霉病、銹病、褐斑病、炭疽病等有較好防效。代森銨可以防治花卉黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病及球根類種球多種病害。波爾多液對黑斑病、灰霉病、銹病、褐斑病、炭疽病等有較好防效。二硫氰基甲烷對蔬菜苗期猝倒病、立枯病、腐霉病以及黃瓜、番茄、茄子、辣椒青枯病有較好防效。毒土法是將藥劑按一定比例與土混合配制成毒土施入土中，溝施、穴施和撒施均可。藥劑可因地、因作物合理選用。熏蒸法是利用土壤注射器或土壤消毒劑將藥劑注入土中，在土表覆蓋薄膜等覆蓋物，并密閉或半密閉設施，使藥物氣體在土壤中擴散，殺死病菌。土壤熏蒸后，藥物需充分散發才能播種，否則易產生藥害。常用的土壤熏蒸消毒劑有溴甲烷、甲醛、氯化苦等。