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大棚種植最讓人頭疼的就是病害，往往種植幾年后，重茬、病蟲害越來越嚴重導致經濟效益急劇下降，現在針對這種問題，比較常用的方法就是土壤消毒。土壤消毒可以采用以下幾種方法：

高溫悶棚法

利用太陽的能量烤棚是一種很好的土壤消毒方法。夏季高溫季節，將溫室大棚密閉，在土壤表面撒上碎稻草（每667平方米用量700~1000千克） 和生石灰（每667平方米用量500千克），深翻土壤30厘米，使稻草、石灰、土壤均勻混合，然后起大壟灌大水。并保持水層，蓋嚴棚膜，密閉大棚15~20天。石灰遇水放熱，促使稻草腐爛也放熱，再加上夏季天氣炎熱和大棚保溫。

白天棚內地溫可達55~60°C，25厘米深土層全天溫度都在50°C左右，半月左右即可起到消毒土壤和除鹽的作用。單獨利用灌水悶棚或者生石灰悶棚也可以，但效果比這種方法差一些。

生物菌悶棚法

通過人工補充有益微生物菌群，抑制滅殺土壤有害病菌，達到以菌制菌的目的，注意！若使用殺菌劑，兩者之間使用需間隔在一周以上。

1、棚室內有根結線蟲的建議采用化學藥劑如：威百畝（見威百畝使用手冊）熏蒸土壤。

2、有秸稈還田條件的建議秸稈還田。

3.拔園后畝用963有機肥20袋（或大連東巖殼聚糖10瓶隨水沖施）、中微量元素鈣肥100千克，生物菌劑75千克-100千克，均勻撒施與土壤表層然后深翻土壤35cm。

4、鋪設噴灌或調畦然后大水澆透。

5、密閉棚室（換膜）或上風口不關嚴（薄膜怕高溫）7天-10天。

6、敞開上、下通風口涼24小時，澆小水（濕過地皮）后按第5條做法，重復2次-3次。

7、敞開風口晾曬至旋耕的標準旋耕地面，整理畦面準備定植。

福爾馬林消毒法

土壤耕翻后，每平方米土地用50毫升福爾馬林，兌水10~12千克，或每平方米噴酒100倍的福爾馬林液0.15千克，然后用塑料薄膜蓋嚴。7~10天后揭膜，并翻土1~2次，使藥液揮發，3~5天即可栽培作物。

藥土消毒法

每平方米用50%多菌靈可濕性粉劑2克，或50%甲基托布津可濕性粉劑8克、或40%五氯硝基苯8克，兌水2~3千克，摻細土5~6千克，播種時做下墊土和上蓋土，可有效防治多種真菌性病害 。

噴淋或澆灌法

將96%惡霉靈3000倍藥液用噴霧器噴淋于土壤表層，或直接灌溉到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土中病菌，防治苗期病害，效果顯著。

蒸汽熱消毒

用蒸汽鍋爐加熱，通過導管把蒸汽熱能送到土壤中，使土壤溫度升高，殺死病原菌，以達到防治土傳病害的目的。這種消毒方法要求設備比較復雜，只適合經濟價值較高的作物，并在苗床上小面積施用。

硫酸亞鐵消毒法

用3%硫酸亞鐵溶液處理土壤，每平方米用藥液0.5公斤，不僅能治桃、梅縮葉病。同時，還能兼治缺鐵花卉的黃化病。

氯硝基苯消毒法

每平方地用75%氯硝基苯4克、代森鋅5克，兩藥混合后，再與12公斤細土拌勻。播種時下墊上蓋。此法對防治土壤傳播的炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病有特效。

波爾多液消毒法

每平方米苗圃地用等量式（即：硫酸銅、石灰、水的比例為1：1：100）波爾多液2.5公斤，加賽力散10克噴灑土壤。對防治黑斑病、斑點病、灰霉病、銹病、褐斑病、炭疽病等效果較明顯。

多菌靈消毒法

多菌靈能防治多種真菌病害，對子囊菌和半知菌引起的病害效果很明顯。土壤消毒用50%可濕性粉劑，每平方米施用1.5克，可防治根腐病、莖腐病、葉枯病、灰斑病等，也可按1：20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效地防治苗期病害。

代森銨消毒法

代森銨為有機硫殺菌劑，殺菌力強，能滲入植物體內，經植物體內分解后還有一定肥效。用50%水溶代森銨350倍液，每平方米苗圃土壤澆灌3公斤稀釋液，可防治黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病。