復合肥肥效長，宜做基肥。大量試驗表明，不論是二元還是三元復合均以基施為好。這是因為復合肥中含有氮、磷、鉀等多種養分，作物前期尤其對磷、鉀極為敏感，要求磷、鉀肥要作基肥早施。控釋復合肥在生產過程中采用了包衣、造粒等工藝，肥效緩慢平穩，比單質化肥分解慢，養分淋失少，利用率高，適合于作基肥。一般畝用量為30至40千克。復合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防貪青徒長。
復合肥分解較慢，對播種時用復合肥做底肥的作物，應根據不同作物地需肥規律在追肥時及時補充速效氮肥，以滿足作物營養需要。
復合肥濃度差異較大，應注意選擇合適的濃度。目前多數復合肥是按照某一區域土壤類型平均養分善和大宗農作物需肥比例配置而成。市場上有高、中、低濃度系列復合肥，一般低濃度總養分在25%至30%之間，中濃度在30%至40%之間，高濃度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，選擇使用經濟、高效的復合肥。一般高濃度復合肥用在經濟作物上，品質優、殘渣少、利用率高。
復合肥濃度較高，要避免種子與肥料直接接觸，會影響出苗甚至燒苗、爛根。播種時，種子要與穴施、條施復合肥相距5到10厘米左右，切忌直接與種子同穴施，造成肥害。
復合肥配比原料不同，應注意養分成分的使用范圍。不同品牌、不同濃度復合肥所使用原料不同，生產上要根據土壤類型和作物種類選擇使用。含硝酸根的復合肥，不要在葉菜類和水田里使用含銨離子的復合肥，不宜在鹽堿地上施用;含氯化鉀或氯離子的復合肥不要在忌氯作物或鹽堿地上使用;含硫酸鉀的復合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否則，將降低肥效，甚至毒害作物。
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