牛蒡菌核病病菌主要以菌核在病殘體上或落入土壤中越冬。菌核也可混雜在種子中間越冬并隨種子調運使用而傳播。菌核在干燥土壤中可存活3年，在潮濕土壤中也能存活一年。翌年土壤中菌核陸續萌發，菌核產生子囊盤，子囊盤上子囊中的子囊孢子成熟后靠自身彈射出來，子囊孢子多在10～30厘米高的空中飄浮，并借氣流傳播。首先在生長衰弱部位或傷口處侵入。侵染成功后獲取了營養，才有能力通過菌絲侵染健部。
病株葉片色灰暗色淡，萎蔫，邊緣上卷，病重時葉片枯萎。順葉片查找到葉柄基部，可見葉柄變暗綠褐色，濕腐，濕度大時表面生白色絨霉，后期在菌絲中生出黑褐色，大小不等形狀不一的菌核。重病株提早腐爛死亡。
牛蒡菌核病嚴重影響了牛蒡的產量，造成一定的經濟損失，常見的防治措施如下：
1、藥劑防治，可見70%甲基托布津可濕性粉劑800倍液，或40%多硫懸浮劑500倍液，或40%菌核凈可濕性粉劑500倍液，或20%甲基立枯磷乳油1000倍液，或40%紋枯利可濕性粉劑1000倍液，或65%甲霉靈可濕性粉劑1000倍液。
2、收獲后徹底清除田間病殘，并進行20厘米以上深度深翻，把落到地表的菌核翻入土壤深層。如能淹水1個月，可全部徹底殺滅土壤中菌核。
3、播前精選種子，徹底清除混雜在種子中間的菌核。
4、高畦覆地膜栽培，或畦面敷草，陰隔子囊孢子釋放。裸地栽培，見子囊盤出土可連續中耕、培土。
5、施用腐熟糞肥，適時追施化肥，避免化肥燒傷根部、葉柄。氮、磷、鉀肥配合施用，避免偏施氮肥。雨后及時排水，降低株間濕度。
6、重病地應與糧食作物進行2～3年輪作。有條件最好進行水旱輪作，一年即可。
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