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　　一、菌種不宜過長時間使用，超齡菌種會出現老化，而老化與退化是有機相連的，生活力弱的菌種很容易出現退化。

　　二、菌種要定期進行復壯，在適宜的溫度、合適的酸堿度、充足的氧量、適當漫射光、無雜菌培養等條件下進行。

　　三、每年進行孢子分離，以有性繁殖來發現優良菌株，以組織分離來鞏固優良菌株的遺傳特性。

　　四、保證菌種的純培養。不用被雜菌污染的菌種，不要用同一食用菌種類的不同菌株混合或近距離相連接培養。

　　五、嚴格控制菌種傳代次數，減少機械損傷，保證菌種活力。

　　六、適當低溫保存菌種。低溫型菌種(如蘑菇、香菇等)在4℃，高溫型菌種(如草菇)在16℃下保存，有利于保存菌絲體的活力。

　　七、避免在單一培養基中多次傳代，沿著合理的代次、母種、原種、生產種不同類型的培養基，有利于提高菌種活力和保持優良性狀。